基地组织 (AQ) 是由乌萨马·本·拉登 (Usama bin Ladin) 于 1988 年与在阿富汗与苏联占领军 (现已解散) 作战的阿拉伯人组织的。AQ 旨在消除西方对穆斯林世界的影响，推翻穆斯林国家的“叛教”政府，并建立一个由其自身对伊斯兰教法的解释管辖的泛伊斯兰哈里发政权，该政权最终将成为新的国际秩序中心。自 1996 年该组织公开向美国宣战以来，这些目标基本上保持不变。AQ 在反恐工作中失去了数十名中高级特工，但仍在招募、策划、激励和实施袭击。AQ 在中东、非洲和亚洲拥有附属机构，大部分实力主要集中在这些子公司。

AQ 负责许多大规模的伤亡袭击。AQ 在 1992 年对驻也门亚丁的美军进行了三次爆炸，并声称对 1993 年击落美军直升机和杀害驻索马里美军负责。AQ 还于 1998 年 8 月对美国驻内罗毕和达累斯萨拉姆大使馆进行了爆炸，造成 224 人死亡，5000 多人受伤。 2000 年 10 月，AQ 在亚丁港用一艘装满炸药的船对科尔号进行自杀式袭击，造成 17 名美国海军士兵死亡，30 多人受伤。2001 年 9 月 11 日，19 名AQ 成员劫持并撞毁了四架美国商用飞机——两架撞击了纽约市世贸中心，一架撞击五角大楼，最后一架在宾夕法尼亚州尚克斯维尔的一个机场坠毁。9/11 袭击造成了近 3000 人死亡。

1999 年 10 月 8 日，根据经修订的《移民和国籍法》第 219 条，美国国务院将 AQ 指定为外国恐怖组织。2001 年 9 月 23 日，基地组织被列入第 13224 号行政令的附件。由于这一认定，除其他后果外，冻结了AQ 受美国管辖的所有财产和财产权益，所有美国人禁止与 AQ 从事任何交易。此外，故意向 AQ 提供、企图提供或共谋提供物质支持或资源均属于犯罪。